保险公司应在保险限额内承担赔偿责任，理由如下：

针对事发时被告何某无道路运输从业人员从业资格证（以下简称从业资格证）而主张商业险不赔的主张，保险公司在庭审中提交了《机动车商业保险/机动车交通事故责任强制保险投保单》（以下简称投保单）、《投保人声明》、《某保险公司特种车综合商业保险条款》（以下简称特种车保险条款）等证据。

一、从证据的证明力来看，无法达到证明保险公司对免责条款向投保人物流公司进行了提示、明确说明的目的，理由如下：一是在投保人物流公司仅在上面盖章，没有具体经办人员的签名；二是无论是投保单还是投保人声明，投保人盖章处下的日期一栏是空白的，无法证明保险公司与投保人物流公司的具体签订时间，存在投保后补盖的可能性，物流公司在庭审时也承认了这一点，保险公司也未提供别的证据进行反驳；三是保险公司无法证明在《投保人声明》中手写的“保险人已明确说明免除保险人责任条款的内容及法律后果”是投保人物流公司经办人员所写，同时，物流公司在庭审时也否认该字迹为其经办人员所写。

二、《中华人民共和国保险法》第十七条规定“订立保险合同，采用保险人提供的格式条款的，保险人向投保人提供的投保单应当附格式条款，保险人应当向投保人说明合同的内容。对保险合同中免除保险人责任的条款，保险人在订立合同时应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明；未作提示或者明确说明的，该条款不产生效力。”本案争议的保险合同是由保险公司提供的格式合同，是所有投保人在投保时都必须在投保单及投保人声明处签名（或盖章），此不能证明保险人就保险合同中免除保险人责任的条款的概念、内容，特别是法律后果向投保人作出了能够理解的解释指导和说明，且投保时，保险公司并未对驾驶人需具有驾驶证之外的其余有效资格证作出特别提示和说明，故不能认定保险公司对保险合同中免除保险人责任的条款已尽明确说明义务，不能免除其赔偿责任。

三、《中华人民共和国合同法》第四十条规定“格式条款具有本法第五十二条和第五十三条规定情形的，或者提供格式条款一方免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利的，该条款无效。”本案中，被告何某持有交警部门颁发的与准驾车型相符的驾驶证，事故发生时未取得交通部门颁发的从业资格证，但之后已取得的行为，并未增加承保车辆发生交通事故的概率，也未增加保险公司的理赔风险。作为提供该格式条款的保险公司以此作为免责条件存在法律规定的免除已方责任、加重被保险人责任、排除被保险人依法享有理赔权利的情形，上述免责条款不应具有法律效力。

四、从业资格与驾驶资格是两个截然不同的概念，保险条款系保险公司提供的格式条款，根据《合同法》第41条的规定“对格式条款的理解发生争议的，首先应按通常的理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。”，有效资格证通常情况下应指公安交警部门颁发的机动车驾驶证，并不包括从业资格证。另外，也应作出对保险公司不利的解释，即免责条款中的有效资格证就是指机动车驾驶证。同时，《中华人民共和国道路交通安全法》第十五条规定“警车、消防车、救护车、工程救险车应当按照规定喷涂标志图案，安装警报器、标志灯具。其他机动车不得喷涂、安装、使用上述车辆专用的或者与其相类似的标志图案、警报器或者标志灯具。警车、消防车、救护车、工程救险车应当严格按照规定的用途和条件使用。公路监督检查的专用车辆，应当依照公路法的规定，设置统一的标志和示警灯。”根据上述法律规定，特种车有以下几种：警车、消防车、救护车、工程救险车。保险公司在开庭时提供的条款是特种车保险条款，而事故车辆是普通半挂车，并非是特种车，该条款并不适用事故车辆，是无效条款。

五、根据保险公司提交的特种车保险条款可知，其中免责事由规定，使用被保险机动车无国家有关部门核发的有效操作证、许可证书或其他必备证书，保险公司基于此情况免除商业险赔偿责任，但是特种车保险条款中的许可证书或其他必备证书并未明确指明从事营运车辆的驾驶人员必须具备驾驶员从业资格证，而且《中华人民共和国道路交通安全法》、《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》中也并未有无驾驶员从业资格证禁止上路的禁止性规定。

六、从业资格证是道路运输管理部门的行政管理规章，并非是国家强制性管理，只是一种行政处罚手段。